Hneď po udalostiach v novembri 1989 požiadalo niekoľko desiatok zastupovaných autorov Ministerstvo kultúry, aby vykonalo komplexnú revíziu činnosti SOZA, vrátane revízie vyúčtovania autorských odmien. Vymenovaná revízna skupina Ministerstva kultúry skončila svoju prácu 12. 2. 1990, pričom skúmala obdobie rokov 1986 až 1988. Vo svojich záveroch konštatovala závažné nedostatky v poukazovaní odmien viacerým autorom za použitie ich skladieb, čo bolo spôsobené predovšetkým ideovým dohodnocovaním autorských honorárov.
Keďže SOZA bol v minulosti centralisticky riadená organizácia bolo potrebné realizovať jej transformáciu na samostatnú nezárobkovú ochrannú autorskú organizáciu, ktorá sa v princípe nezaoberá žiadnym druhom podnikateľskej činnosti. SOZA sa transformuje na ako samosprávny a nezávislý subjekt a preberá na seba všetok majetok, všetky práva, povinnosti a záväzky z predchádzajúcich rokov činnosti SOZA.
V tomto transformačnom období sa pri preškrtávaní a novelizácii totalitných zákonov bez primeranej náhrady zrušili prakticky všetky ustanovenia, zohľadňujúce špecifickosti vzťahov medzi tvorcami a používateľmi ich diel a aj ustanovenia upravujúce činnosť organizácií, uskutočňujúcim ochranu autorských práv v každodennej praxi. Autorské ochranné organizácie (rovnako ako ochranné organizácie interpretov a ostatných duševných hodnôt) na Slovensku týmto stratili rozhodujúcu podporu, ktorú im inde poskytujú legislatívne systémy všetkých moderných krajín.
Rok 1990 prebiehal v znamení vnútornej reorganizácie. Nová organizačná štruktúra oddelila činnosť SOZA autorov od výkonných umelcov, a tak 15. 5. 1992 dáva Ministerstvo kultúry súhlas k rozčleneniu SOZA na SOZA a OZIS (Ochranné združenie interpretov Slovenska). SOZA spravovala autorské práve autorov a OZIS práva výkonných umelcov.
Odčlenenie sa od štátu
26. mája 1992 sa SOZA na základe uznesenia Valného zhromaždenia a so súhlasom Ministerstva kultúry odčlenila od štátnej správy. Stala sa nezávislým samostatným zväzom s právnou formou občianskeho združenia, ktorý je riadený na základe prijatých stanov zvoleným 15-členným výborom.
Tieto zmeny mali pozitívny vplyv na činnosť SOZA a zároveň zlepšili povesť a autoritu SOZA na medzinárodnom poli. Počas tohto obdobia SOZA dokončuje aj svoje nové sídlo – budovu na Rastislavovej ulici, kde sídli až do dnešného dňa. Oficiálne otvorenie budovy sa konalo 12. novembra 1993 za účasti významných domácich hostí i našich zahraničných partnerov z Holandska, Rakúska, Českej republiky a Maďarska.
Celospoločenský vývoj a zmeny v zákonoch postupne spôsobili novelizáciu viacerých základných dokumentov SOZA: .Vypracoval sa nový vyúčtovací poriadok a v súlade s novelou Autorského zákona aj nové zmluvy medzi SOZA, autorskými a výkonnými umelcami. V roku 1995 sa definitívne potvrdil až nový organizačný poriadok, čím bola dovŕšená prestavba aparátu SOZA aj po formálno-právnej stránke.